Nazwa miejscowości pochodzi od imienia "Giełcza", pochodzącego od słowa zgiełk. Jednak językoznawcy nie wykluczają też bałtyckiego pochodzenia nazwy od litewskich słów "geltas", oznaczający kolor "żółty" (żółtawy).

Początki wsi sięgają XIV wieku. Istnienie tej miejscowości potwierdzają dokumenty kapituły płockiej z 1388 roku. W tymże właśnie roku biskup płocki zatwierdził przekazywanie dziesięcin z Gelczina na rzecz wikariuszy katedralnych. Następne informacje pochodzą z 1436 roku, wtedy to Stanisław z Giełczyna zabezpieczył żonie Dorocie wiano na połowie dochodów z Giełczyna. Stanisław jest notowany jeszcze w 1440 roku. Następnie dziedziczą tu Paweł oraz Jan i Erazm.

Miejscowy ród rycerski przyjął nazwisko Giełczyński, pierwszym używającym tego nazwiska był Jan Giełczyński notowany w latach 1478-1488, był on dworzaninem księcia mazowieckiego. Być może był tożsamym z wymienionym wyżej Jan z Giełczyna.

W początkach XVI wieku część Giełczyna przeszła na własność Łekowskich (Lekowskich) z Lekowa, ale w części dziedziczyli nadal Giełczyńscy. W 1578 roku wśród dziedziców wsi wymienia się Jana Giełczyńskiego i wdowę po Mikołaju Giełczyńskim. Dziedziczył tu również w części Aleksander Iłowski, wojewoda płocki.

Nie zachowały się dane o właścicielach wsi w kolejnych latach. Wiadomo jednak, że w końcu XVIII wieku dziedziczyła tu rodzina Bońkowskich. Bońkowscy herbu Brodzic pochodzili z okolic Płocka.

Była to niewielka wieś, w 1827 roku było tu zaledwie 7 domów i 90 mieszkańców. Natomiast w 1882 roku było już 26 domów i 257 mieszkańców. Obszar wsi wynosił 294 morgi, w tym 215 mórg ziemi ornej. Przysiółkami tej wsi były Staroguby i Maryśka.

W 1921 roku w Giełczynie było 14 domów i 107 mieszkańców. W pobliżu notowano też osadę Giełczynek liczącą 13 domów i 84 mieszkańców. Obie należały do gminy Ratowo. Przed II wojną światową działał tu młyn należący do G. Wintera.